my.cnfの編集をしても問題ないでしょうか?

/etc/my.cnfの編集は可能ですが、Plesk11を搭載のプランについては注意点がございます。
* Plesk12 搭載のVPSプランについては後述します

Plesk11での /etc/my.cnf のカスタマイズは、当社では非推奨とさせて頂いております。

/etc/my.cnfを編集されていた場合、Plesk11のマイクロアップデート機能(デフォルトでは自動)により、MySQLがバージョンアップされ、/etc/my.cnf が初期化されたという事象が確認されており、
これはPleskの仕様であることを確認しております。

そのため、/etc/my.cnfの編集をされる場合にはPlesk11の自動アップデート機能を止めた上で運用頂く必要がございます。
但し、自動アップデート機能を停止した場合、Pleskアップデートのタイミングはお客様に委ねられますため、
重大なセキュリティアップデート等が発生した際も、ご自身でアップデート頂くまで、
対策できないリスクが伴いますことを予めご承知おきください。

/etc/my.cnfを編集した状態で、Pleskの手動アップデートをおこなう際には
アップデート前後で/etc/my.cnfの内容確認、調整、mysqlの再起動等をご対応頂く必要がございます。
Pleskのアップデートポリシーはどのようになっていますか?

また、手動アップデートをされる場合は Plesk11.0.9のまま内部のベーシックコンポーネントを
アップデートをいただくことを推奨しております。

Pleskの手動アップデートをおこなう際にはアップデート前後で、
/etc/my.cnfの内容確認、調整、mysqlの再起動等をご対応頂く必要がございます。

なおPlesk12搭載のVPSプランについては、Pleskのマイクロアップデートの自動化を有効にしていても、同様の事例はございません。/etc/my.cnf を書き換えるというナレッジについても一部掲載されています。データベース設定のチューニングについてはサポート外ですが、ご参考になさってください。
mysqlのクエリログを見ることはできますか【Plesk12】