cgi-binディレクトリ以外でCGIを利用する方法はありますか?

.htaccessによる設定にて任意のディレクトリで動作させる事が出来ます。

動作させたいディレクトリに以下の内容を記述した.htaccess を設置してください。

Options +ExecCGI
AddHandler cgi-script .cgi
AddHandler cgi-script .pl

.htaccessの作成方法はファイルマネージャで行いますので、こちらをご参照ください。

尚、webユーザー領域についてはディレクトリの指定はありません。