ファイルマネージャかFTPソフトかどちらを使ったらいいかわかりません。

ファイルのアップロードをする際、FTP(FFFTPのようなFTPソフトや、ホームページエディタソフト付属のFTPツール)を使うか、ファイルマネージャを使うか、選択できますが、それぞれ特長があります。
ファイル名の変更や、ファイルの属性変更等は、たいていのFTPソフトでも可能ですので、ファイルマネージャかFTPソフト、それぞれ使いやすい方法で操作してください。

FTPソフトがより向いている作業

サーバへの複数ファイルのアップロード
サーバへのファイルのローカルパソコンダウンロード

ファイルマネージャが向いている作業

.htaccess等、隠しファイルの編集や単独ファイルのアップロード
ファイルやフォルダのパス移動
FTPソフトがインストールされていない環境でのファイルのアップロード
FTPポートが接続できない環境でのファイルのアップロード