Pleskのマイクロアップデートをコマンドラインで行うことはできますか

可能です。コマンド操作はサポート外ですので、参考情報としてご案内いたします。

SSHでログイン後、rootに昇格し以下を実行します。

# /usr/local/psa/admin/sbin/autoinstaller --select-product-id plesk --select-release-current --reinstall-patch --install-component base

参考ページ:Parallels Plesk Panel および Parallels Small Business Panel のマイクロアップデートを使用するには - KB Parallels